1、主要從控溫精度和熱分布均勻性上進行選擇，若產品要求溫度很嚴格，尤其是出口產品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動殺菌鍋。電腦半自動殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動相同，但是價格卻是電腦全自動的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動殺菌鍋。手動殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。
2、若產品是含氣包裝或者產品外觀比較要求比較嚴格，則應選擇電腦全自動或電腦半自動殺菌鍋。
3、若產品是玻璃瓶或馬口鐵，因為升溫和降溫速度都要求可以控制，所以盡量不應選擇雙層殺菌鍋。
4、若從節約能源考慮，可選擇雙層殺菌鍋，其特點是上罐是熱水罐，下罐是處理罐，上罐的熱水重復使用，可節約大量蒸汽，適合每天產量超過10噸的食品生產企業。
5、若產量較小或者沒有鍋爐，則可以考慮使用電汽兩用殺菌鍋，其原理是蒸汽由下罐電加熱產生，上罐滅菌。
6、若產品粘稠度很高，殺菌過程中產品需要旋轉，則應選擇選擇旋轉式殺菌鍋。