目前，在食品的生產，保存，運輸和銷售過程中極易污染變質和商品的貨架期，對各類食品的衛生指標都作了嚴格規定，微波殺蟲原理是使食品中的蟲菌等微生物，微波殺菌與常規殺菌溫度要120℃-130℃,時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃,時間約90-180秒是符合食品生產標準的。

微波殺菌應用保鮮就是將食品經微波能處理后使食品中的菌體，蟲菌等微生物喪失活力或死亡，保證食品在一定保存期內含菌量仍不超過食品衛生法所規定的允許范圍，從而延長其貨架期。微波針對細菌、成蟲與任何生物細胞一樣，是由水、蛋白質、碳水化合物、脂肪和無機物等復雜化合物構成的一種凝聚介質。其中水是生物細胞的主要成份，含量在75-85%，因為細菌的各種生理活動都必須有水參與才能進行，而細菌的生長繁殖過程，對各種營養物的吸收是通過細胞膜質的擴散，滲透吸收作用來完成的。

微波的熱效應主要起升溫殺菌作用，而非熱效應則使用微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力 ，常規物理殺菌所沒有的特殊作用，微波殺菌從而使體內蛋白質結構變化或破壞而使其蛋白質變性，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯變化，而失去生物活性。微波熱效應與非熱效應的共同作用，使其體內蛋白質和生理活動物質發生變異，而導致微生物體生長發育延緩和死亡，達到食品殺蟲，殺菌，保鮮的目的。